Dunia saat ini sedang berjuang melawan pandemi COVID-19. Pandemi COVID-19 ini disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 yang termasuk ke dalam golongan virus corona. Virus corona merupakan virus berbasis RNA sehingga pengujian virus corona umumnya menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR dapat mengkuantifikasi jumlah RNA yang terkandung pada sampel pasien terduga positif corona. Belakangan ini, telah dikembangkan pengujian virus corona berbasis protein menggunakan Mass Spectrometry. Lantas, bagaimana pengujian virus corona berbasis protein dapat dilakukan?
Mari mengenal lebih jauh mengenai virus corona. Virus corona merupakan virus berbasis RNA dengan ukuran partikel 120-160 nm. Virus corona tidak hanya mengandung materi RNA, virus corona juga mengandung sejumlah besar protein yang membungkus materi RNA. Partikel virus corona mengandung empat protein struktural utama, yaitu protein S (spike protein) yang berbentuk seperti paku, protein M (membrane protein), protein E (envelope protein), dan protein N (nucleocapside protein). Dengan keberadaan empat protein tersebut memicu para ilmuwan untuk menelaah lebih jauh pengujian virus corona berbasis protein.
Gambar 1. Struktur virus SARS-CoV-2
Langkah pengembangan pengujian virus corona berbasis protein menggunakan LC-MS/MS SCIEX 5500+ Triple Quadrupole telah dituangkan dalam jurnal Lane, et al (2020). Pengujian virus corona berbasis protein dilakukan dengan uji kuantifikasi peptida dari dua protein virus SARS-CoV-2, yakni Protein S dan Protein N. Pengujian dilakukan menggunakan protein rekombinan untuk menentukan peptida target dari masing-masing protein dan meninjau hasil kromatogram peptida target dalam protein rekombinan. Lalu selanjutnya, pengujian dilakukan dengan memasukkan protein rekombinan ke dalam sampel hasil swab nasofaring dari pasien yang sehat (matriks UTM) untuk meninjau hasil kromatogram peptida protein virus dalam matriks UTM.
Gambar 2. Hasil kromatogram 14 peptida dalam protein rekombinan
Gambar 3. Hasil kromatogram 3 peptida dari protein N dan S dalam matriks UTM pada rentang konsentrasi rendah
Berdasarkan hasil kromatogram diatas, dapat terlihat pemisahan yang baik dari 14 peptida target dalam protein rekombinan dengan waktu retensi kurang dari 5 menit. Dan pada hasil kromatogram peptida target dalam matriks UTM, puncak kromatogram peptida target dapat terbaca pada konsentrasi rendah.
Meninjau dari hasil pengembangan pengujian tersebut, Mass Spectrometry dapat menjadi alternatif dalam pengujian virus corona berbasis protein dengan sensitivitas tinggi dan waktu pembacaan yang cepat. Namun tentunya, pengembangan masih harus terus dilakukan guna tercapainya pengujian yang mumpuni. Untuk mengetahui lebih lanjut, jurnal dapat diakses melalui laman www.sciex.com atau kunjungi website kami www.laborindo.com
Referensi
Lane, et al. 2020. Targeted assay for quantification of proteins from the SARSCoV-2 coronavirus.
